Никитин Михаил Яковлевич родился в 1903 г. в Петербурге. В 1915 г. окончил трехклассное городское начальное училище, работал переносчиком кинокартин, учеником киномеханика в кинотеатре «Аврора». В 1918 г. переехал в Калининскую область в село Емельяново, где работал в совхозе. В 1923 г. М.Я. Никитин вернулся в Ленинград, поступил на работу в Судостроительные мастерские Городского отдела коммунального хозяйства, затем работал чернорабочим на фабрике «Красная нить», откуда в 1924 г. поступил на рабфак при Ленинградском Лесном Институте. По окончании рабфака был командирован в Военно-медицинскую Академию имени С. М. Кирова, где учился с 1927 по 1932 год. Свидетельство об окончании Академии и присвоении ему квалификации врача подписано Начальником и Военным комиссаром ВМА В. А. Кангелари. Затем М. Я. Никитин работал военным врачом в стрелковых полках Советской Армии на Дальнем Востоке и в Сибири.

После демобилизации из Советской Армии в 1937 г. М.Я. Никитин возвращается с семьей в Ленинград, где работает санитарным врачом в Госсанинспекции Ждановского района. В марте 1941 г. он был назначен Начальником Госсанинспекции г. Ленинграда и руководил органами санитарного надзора в условиях блокады города. Основная работа заключалась в сохранении элементарных правил санитарии: организация уборки города, утилизации мусора, выбор мест водозабора питьевой воды, уничтожение грызунов, инспекция пищевых объектов во избежание массовых отравлений и эпидемий.

С 1944 г. М.Я. Никитин — начальник городской Государственной санитарной инспекции, заместитель заведующего горздравотделом —одновременно работал директором Ленинградского Научно-исследовательского санитарно-гигиенического института. После окончания войны М.Я. Никитин защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Почвенное и огневое захоронение умерших в период блокады в Ленинграде». В 1948 г. ему была присвоена ученая степень кандидата медицинских наук.

В 1955-1957 гг. Михаил Яковлевич работал советником при Министерстве здравоохранения Китайской Народной Республики. В это время им было написано много работ, прочитаны лекции в институтах Пекина и других городов, в служебных командировках он побывал во многих уголках этой страны. Его работа была отмечена благодарностями правительства КНР, медалью Китайско-Советской дружбы. Впоследствии китайские специалисты неоднократно приезжали к М.Я. Никитину на консультации.

После возвращения из Китая в 1957 г. М.Я. Никитин назначается директором НИИЭМ им. Пастера. Опираясь на ведущих специалистов института: К.Н. Токаревича, Э.М. Новгородскую, Э.Н. Фридман и многих других, он расширяет работу старых отделов и открывает новые направления. Начинается строительство нового шестиэтажного лабораторного корпуса, приобретается импортное оборудование, аппаратура. Большую помощь в освоении новых направлений оказывал академик А. А. Смородинцев. В эти годы в институте сформировалась целая плеяда молодых ученых, многие из которых направлялись на работу за рубеж в ВОЗ.

Постановлением Совета Министров в 1960 г. М.Я. Никитин был назначен заместителем министра здравоохранения СССР и Главным государственным санитарным инспектором СССР. В Минздраве СССР Михаил Яковлевич проработал ровно год (с апреля 1960 по май 1961 года). По воспоминаниям сотрудников Минздрава СССР, эта работа его тяготила и он настойчиво просил перевести его снова в Ленинградский институт имени Пастера.

В 1961 г. Михаил Яковлевич вновь переведен на должность директора Института им. Пастера. Он ищет практическое применение научно-исследовательских работ ученых института. С этой целью организуется Государственное предприятие по производству бактерийных препаратов НИИЭМ им. Пастера; создается донорский отдел и цеха по производству коревой вакцины, гриппозной инактивированной вакцины, вакцин против паротита и кори, препаратов крови специфических иммуноглобулинов направленного действия, диагностических препаратов. Это было единственное предприятие в стране, производящее специфические иммуноглобулины. Министерство здравоохранения СССР отмечало высокое качество и большую востребованность препаратов.

За разработку и внедрение в практику здравоохранения живой вакцины против кори, противогриппозного и противооспенного гамма-глобулинов институт в 1968 г. был удостоен диплома первой степени ВДНХ, а авторы препаратов, в том числе М.Я. Никитин, были награждены золотой, серебряной и шестью бронзовыми медалями.

М.Я. Никитин значительно активизировал издательскую деятельность института, ряд изданий был отмечен дипломами и премиями Минздрава РСФСР. Активная организаторская деятельность М.Я. Никитина, его принципиальность и требовательность способствовали усиленной подготовке научных кадров института. Михаилом Яковлевичем опубликовано более 40 научных работ по проблемам гигиены, эпидемиологии и микробиологии.

М. Я. Никитин много способствовал реконструкции института: было закончено строительство шестиэтажного здания — нового лабораторного корпуса, в котором разместились отделы и лаборатории, научная библиотека и техническая служба; осуществлена реконструкция одного из старых лабораторных корпусов, где разместился цех гамма-глобулина, оснащенный современным оборудованием.

Высокий уровень профессиональных знаний и организаторские способности обусловили назначение М.Я. Никитина представителем нашей страны на международные форумы специалистов в Англии (делегат Международного конгресса гигиенистов) в 1952 г. и в том же году — консультантом по санитарно-эпидемиологическим вопросам на XV Олимпийских играх в Финляндии.

М.Я. Никитин награжден двумя орденами Трудового Красного Знамени (1942, 1961), медалями «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», «За оборону Ленинграда» (1942), «В память 250-летия Ленинграда», «За доблестный труд в ознаменование 100-летия со дня рождения В. И. Ленина», также благодарностями Министров здравоохранения РСФСР и СССР, был избран депутатом, членом исполкома горсовета, членом райкома КПСС Петроградского района, членом пленума райкома того же района.

Умер Михаил Яковлевич 4 июня 1971 года. Посмертно был награжден Орденом Великой Октябрьской социалистической революции.